MySQL soporta distintas tecnologías de almacenamiento de datos, entre estas destacan MyISAM e InnoDB, el primero de ellos (MyISAM) es el utilizado por defecto pero en la mayoría de los casos podremos cambiarlo cuando queramos.
InnoDB es una tecnología de almacenamiento de datos de fuente abierta para MySQL, incluido como formato de tabla estándar en todas las distribuciones de MySQL a partir de las versiones 4.0. Su característica principal es que soporta transacciones de tipo ACID y bloqueo de registros e integridad referencial. InnoDB ofrece una fiabilidad y consistencia muy superior a MyISAM, la anterior tecnología de tablas de MySQL, si bien el mejor rendimiento de uno u otro formato dependerá de la aplicación específica.
MyISAM es la tecnología de almacenamiento de datos usada por defecto por el sistema administrador de bases de datos relacionales MySQL. Este tipo de tablas están basadas en el formato ISAM pero con nuevas extensiones. En las últimas versiones de MySQL, el motor InnoDB está empezando a reemplazar a este tipo de tablas por su capacidad de ejecutar transacciones de tipo ACID y bloqueo de registros e integridad referencial.
La elección es un tema delicado ya que hay que conseguir la mejor relación de calidad acorde con nuestra aplicación, obviamente si necesitamos transacciones, claves foráneas y bloqueos tendremos que escoger InnoDB por el contrario escogeremos MyISAM en aquellos casos en los que predominen las consultas SELECT a la base de datos (un gran número de páginas webs).
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