Para parar/arrancar una base de datos MySQL podemos utilizar el script "/etc/init.d/mysql". Para que dicho script funcione tenemos que darle permisos al usuario "debian-sys-maint".

Averiguamos la contraseña del usuario:

cat /etc/mysql/debian.cnf
# Automatically generated for Debian scripts. DO NOT TOUCH!
[client]
host = localhost
user = debian-sys-maint
password = XFx1fmnbdGwnHCJX
socket = /var/run/mysqld/mysqld.sock
[mysql_upgrade]
user = debian-sys-maint
password = XFx1fmnbdGwnHCJX
socket = /var/run/mysqld/mysqld.sock
basedir = /usr


Luego entramos al MySQL y damos permisos al usuario:

GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'debian-sys-maint'@'localhost' IDENTIFIED BY 'XFx1fmnbdGwnHCJX' WITH GRANT OPTION;
FLUSH PRIVILEGES;